Điện Thái Hòa được khởi công xây dựng vào năm Vĩnh Lạc thứ 4 nhà Minh (1406), tới năm Vĩnh Lạc thứ 18 (1420) thì hoàn thành, ban đầu có tên là Phụng Thiên điện (奉天殿). Căn cứ vào sách Minh Thế Tông thực lục, điện Phụng Thiên nguyên bản "rộng 30 trượng, sâu 15 trượng" (原旧广三十丈，深十五丈云), tức là diện tích đạt khoảng 4522 mét vuông.

Năm Vĩnh Lạc thứ 19 (1421), điện Phụng Thiên gần như bị hư hại hoàn toàn do sét đánh trúng. Từ năm Chính Thống thứ 1 (1436) đến năm Chính Thống thứ 6 (1441), điện được xây dựng lại. Ngày Bính Thân tháng 4 năm Gia Tĩnh thứ 36 (tức ngày 11 tháng 5 năm 1557), điện lại bị sét đánh, tới năm Gia Tĩnh thứ 41 (1562), mới hoàn thành việc xây lại, đổi tên thành Hoàng Cực điện (皇极殿), tuy nhiên kích thước chỉ bằng hai phần ba so với điện Phụng Thiên cũ. Năm Vạn Lịch thứ 25 (1597), điện bị hỏa hoạn, tới năm Thiên Khải thứ 6 (1627) lại được xây lại.

Nhà Thanh năm Thuận Trị thứ 2 (1645) đã đổi tên thành Thái Hòa điện (太和殿) như ngày nay. Bắt đầu từ năm Thuận Trị thứ 3 (1646) đến năm Khang Hy thứ 8 (1667), mỗi năm đều trùng tu một lần.

Đêm ngày 3 tháng 12 năm Khang Hy thứ 18 (1679), Ngự thiện phòng phía tây điện Thái Hòa bị cháy do sự bất cẩn của các thái giám. Đám cháy lan sang khiến điện bị hư hại nặng. Từ năm Khang Hy thứ 34 (1695) đến năm Khang Hy thứ 36 (1697), điện được xây dựng lại, và có diện mạo ổn định cho đến ngày nay.

Sau cuộc Cách mạng Tân Hợi, theo điều khoản thỏa thuận giữa nhà Thanh và chính phủ Dân quốc, Tuyên Thống đế Phổ Nghi vẫn được quyền cư trú trong hậu cung. Viên Thế Khải nắm quyền, ý đồ xưng đế, đã lấy "Tam đại điện" (Thái Hòa, Trung Hòa, Bảo Hòa) làm cung điện và thay đổi nội ngoại thất. Các biển ngạch đề tên của các tòa điện có chữ Mãn Châu được gỡ bỏ, thay vào đó là các biển ngạch mới chỉ đề chữ Hán.